Das ca. 1 ha große Grundstück rund um das Gebäude des Biologiezentrums wurde seit der Übersiedlung der naturwissenschaftlichen Sammlungen aus dem Francisco Carolinum (1993) als Ökopark konzipiert und steht den Besuchern zu Studien-, Beobachtungs- und Erholungszwecken zur Verfügung. Zusätzlich widmet sich der Ökopark neben wissenschaftlichen Aufgaben zunehmend auch als Stätte für den Erhalt von in Oberösterreich bedrohten Tier- und Pflanzenarten. So werden etwa im Ökopark zur Zeit von den wenigen, in Oberösterreich vorhandenen Populationen der Küchenschelle Pflanzen aus Samen zur Wiederauspflanzung vermehrt.
Geologisch liegt das Gelände des Ökoparks im Nordteil des Überganges zwischen Alpenvorland (Kalk) und Böhmischer Masse (Silikat) mit einer starken Prägung durch alluviale Elemente durch die unmittelbare Nähe zur Donau. In der Anlage des Gartens wurde versucht, durch die räumliche Anordnung der unterschiedlichen Biotope, auf diesen Umstand einzugehen. So befinden sich im Nordteil des Geländes eine Silikat-Lesesteinmauer, ein Silikat-Trockenrasen und eine extensiv genutzte Mähwiese. Im südlichen Teil des Parks wurde als Reminiszenz auf die ehemals in dieser Gegend zahlreich vorhandenen Donaualtarme ein Feuchtbiotop mit Teich und Niedermoor angelegt. In diesem Teil der Anlage befinden sich außerdem ein Aubereich mit Frühlingsgeophyten und Hochstaudenbepflanzungen und ein Kalk-Trockenrasen.
Anhand von Informationsmappen mit Tier-, Pflanzen- und Gesteinssteckbriefen und einer Forscherausrüstung für Kinder (gratis beim Portier erhältlich) werden die Besucher eingeladen, die Lebensgemeinschaften in den einzelnen Biotopen zu studieren.