Die gewölbten, weitgehend original erhaltenen Räume auf Ebene 1 beherbergen die reiche und bedeutende Kunstsammlung von der Romanik bis zum Barock, bei deren Präsentation neben der Chronologie auch thematische Schwerpunkte berücksichtigt wurden. So dominieren im ersten Raum die Passionsdarstellungen, im zweiten die Darstellungen aus dem Marienleben, im dritten das religiöse Brauchtum und die Jenseitsvorstellungen. Der große Ecksaal präsentiert die Blütezeit der Schnitzaltäre und die letzten Räume sind der Donauschule und der Renaissance gewidmet. Der Gang bietet anhand von Skulpturen und Gemälden des 16. bis 18. Jahrhunderts eine Gegenüberstellung der Welt der Männer und der Welt der Frauen. Am Ende des Ganges erwarten das Kunstkabinett und der Barocksaal Besucher/innen.

Von der Romanik zum Schönen Stil

Zu den bedeutendsten Werken des Museums gehört die romanische Rieder Kreuzigung, eine der ältesten Holzskulpturen Österreichs. Die thronenden Madonnen aus Stift Schlägl und aus der Steiermark vertreten die Kunst der Spätromanik.  Mit der besonders figurenreichen Linzer Kreuzigung besitzt das Museum das größte bis dahin gemalte Tafelbild der deutschen Gotik. Im selben Raum hängt aber auch das erste völlig nackte Kruzifix nördlich der Alpen. Besonders hervorzuheben sind auch die aus Salzburg erworbene Schöne Madonna, eine vielleicht vom Hochaltar der Steyrer Stadtpfarrkirche stammende Steinfigur des hl. Ägidius, eine Heilige und eine Pietà aus dem Umkreis des Hans von Judenburg sowie ein Altarflügel des Meisters des Friedrichsaltars.

Blüte der Spätgotik

Im nächsten Raum stehen die großen Flügelbilder des Eggelsberger Altars und die jüngst erworbene Anbetung der Könige des Meisters von Mondsee im Mittelpunkt. Mit ihren detailreichen, in die damalige Zeit versetzen Darstellungen des Marienlebens und der Jugend Christi geben sie einen Einblick in den Alltag des Spätmittelalters, von der Geburt bis zum Tod. Zwei Szenen aus der Jakobuslegende zeugen von der Bedeutung der Wallfahrt nach Santiago de Compostela. Die Porträts Friedrichs III. und seiner schönen Gattin Eleonore von Portugal erinnern an den zuletzt in Linz residierenden Kaiser, von dessen Begräbniszug sich der Helm und das Schild mit dem Wappen des Landes ob der Enns erhalten haben.

Leben im Spätmittelalter

Im Mittelpunkt dieses Raumes stehen der Palmesel, die prunkvollen Prozessionsstangen und der eindrucksvolle Sakristeischrank aus Eferding, in dem kostbare Goldschmiedearbeiten zu sehen sind. Vom Wunderglauben dieser Zeit zeugt eine Legendentafel aus der Wallfahrtskirche von Heiligenstadt bei Mattighofen. Zwei Altarflügel brachten den Gläubigen die christlichen Werke der Barmherzigkeit nahe, durch die sie die Seelen aus dem Fegefeuer zu befreien hofften. Ein breites Bild, das wohl als Predella eines Weltgerichtsaltars diente, gibt davon eine anschauliche Vorstellung. Angst und Hoffnung spiegeln sich auch im Relief des Jüngsten Gerichtes, das vielleicht aus dem Krankensaal des Klosters Pulgarn bei Linz stammt, wo es einst die Kranken und Sterbenden mahnte und tröstete.

Die Zeit der Schnitzaltäre

Im großen, den Schnitzaltären gewidmeten Säulensaal fällt zunächst das ebenfalls aus Pulgarn stammende, wohl in Eferding entstandene Altärchen auf. Weitere Zentren des Altarbaus waren Steyr, Braunau, Landshut und vor allem Passau, wo wahrscheinlich der Meister des Kefermarkter Altars ansässig war. Zu seinen Hauptwerken gehört eine Johannesschüssel - das abgeschlagene, am Festtag des Heiligen präsentierte Haupt Johannes des Täufers. Mehrere Figuren und Reliefs entstammen aus dem Umfeld und der Nachfolge dieses bedeutenden, vielleicht mit Martin Kriechbaum identischen Schnitzers. Der in Freistadt ansässige Lienhart Krapfenbacher ist wohl der Meister des mächtigen, nur als Fragment erhaltenen Hochaltars von St. Leonhard bei Freistadt, der bereits 1509 Elemente des Donaustils aufnimmt und somit zum letzten Raum überleitet.

Die Kunst der Donauschule

Die Donauschule umfasste verschiedene Künstler, denen eine Liebe zu urwüchsigen Landschaften und eine expressive, oft ans Brutale grenzende Drastik gemeinsam sind. Zu den frühen Hauptwerken gehören eine an Jörg Breu erinnernde Kreuztragung und der aus Burg Pernštejn in Mähren stammende Passionszyklus des Meisters H von 1507. Zwei Altarflügel mit Reliefs aus dem Leben Mariens und der hl. Ursula erinnern in den gemalten Hintergrundlandschaften an Wolf Huber. Ein Altärchen mit der dramatisch inszenierten Marter der hl. Katharina und vier Reliefs mit Heiligenlegenden vermitteln weitere Facetten des Stils. Zu den erschütterndsten Werken der Donauschul-Plastik gehört ein monumentales, aus einer Grazer Kirche stammendes Kruzifix.. Das Ende des Donaustils ist schließlich mit den aus Lorch stammenden, bereits auf das Frühbarock voraus weisenden Altarfiguren erreicht.

Renaissance

Im Unterschied zur Mittelalter-Ausstellung dominiert hier die internationale Kunst. So ist etwa die Florentiner Frühphase der Renaissance durch ein Madonnenrelief aus dem Umkreis della Robbias vertreten. Der Römischen Hochrenaissance gehört ein Madonnentondo des Meisters der Scandicci-Beweinung an, eines Mitarbeiters Raffaels.  Viele Maler des Nordens studierten in Italien, so der Antwerpener Jan van Hemessen, dessen kreuztragender Christus von Michelangelo geprägt ist, während seine "Berufung des hl. Matthäus" durch die lebendige Schilderung des Volkslebens beeindruckt. Prachtvolle Möbel, Teller aus Urbino, Zinngefäße, Reichsadlerhumpen und eine kunstvolle Eisentruhe zeugen vom Luxus adeligen Lebens.

Welt der Männer - Welt der Frauen

Der Gang nimmt inhaltlich auf die angrenzenden Räume Bezug, deren Thematik er  weiter entwickelt. So geht es in der Männerwelt primär um Repräsentation, Krieg und Jagd, etwa in der Porträtserie von Mitgliedern einer Jagdgesellschaft. Männer kämpften auch für ihren Glauben, gründeten Orden oder starben als Heilige. Sie herrschten und wurden beherrscht, wie dies im Motiv der ungleichen Paare zum Ausdruck gelangt, von Loth und seinen Töchtern über Samson und Dalila bis zu Salome und Johannes dem Täufer. Ein beliebtes Thema waren liebestolle Alte mit  jungen Frauen. Lucas van Valckenborchs "Bauernschenke" vereint alle Typen vom Pantoffelhelden bis zum Lüstling. Die Frau erscheint als Verführerin und Verführte, aber ebenso als Heilige, Gattin und Mutter - von der Madonna bis zur schwangeren Marketenderin.

Kunstkabinett

Wie die Kunstkammern des Adels ist dieser Raum den Liebhabern und Kennern alles Kostbaren und Erlesenen gewidmet. Neben Gemälden, deren Kleinteiligkeit sich erst unter der Lupe erschließt, enthält der Raum auch Wunder der Natur wie Straußenei und Einhorn. Bilder der Hofkunst Rudolfs II. erinnern daran, dass sich der Kaiser vielleicht einst mit seinen Schätzen in sein Linzer Schloss zurückziehen wollte. Dieser Traum wurde aber durch den Konflikt mit seinem Bruder Matthias zunichte. Einige besonders wertvolle Werke stammen aus dem Legat des Grafen Ludolf, insbesondere die Bilder von Brueghel, Bredael, Bril, Berchem und van Goyen, aber auch viele Kleinplastiken.